１．「ルール上は勝ち」なのにゴチャゴチャ言うのは、不合理だから。
２．その不合理は「ルール上は問題ない」かつ「人間性の問題」によって起こった。
（人間性の問題と書くとキツい言い方だが、それ以上うまく書けない）
３．やはり今後は不合理が起こらないようにルールを改善するべきだと思う。
人間性を改善するのは無理だと思います。村上九段はそこまではっきり言ってはいませんが、どんなにオブラートに包んで言ったところで、やはり、言えば言うほど人間性を「攻撃」していると受け取られてしまうでしょう。本人に「攻撃」の意図はなく、「お願い」や「呼びかけ」「提案」（「こういう場合はこのようにしましょうよ」という話）だとしてもです。
（反発している人が反発しているポイントはそこではありませんか？）
例えば、ルール外で「挨拶をしよう」というマナーがあるとして、一切挨拶をしない人がいたとします。挨拶をしない人の人間性に問題はあるかも知れませんが、そこを批判してもしょうがないですよね。「挨拶しましょうよ」（OK）～「挨拶しないような人間は○×△☆（悪口）」（NG）の間の境界線は曖昧であり、あまり強く言って強要しようとしたらそちらの方が違法になってしまいます。
ならば、ルールを改善して行くしかないのだろうと思います。なるべく合理的な結果になるようにルールを作るべきだと思うし、不合理が発生したら以後は発生しなくなるように改善する努力をして行くことで、良いルールになると思います。
一方、何でもかんでもルール化することはできないというのも事実です。事実ではありますが、公式サイトに書かれてしまうと、ルールの改善をあきらめているように見えてしまいます。
みんなが覚えている間は再発することはないでしょうが、常に新しい人は入って来るもので、全日本初出場の人だっているわけです。ルールを事前に知ってもらうのは勿論必要なことですが、今回十分に周知もしないで「ルールを知らなかった人が悪いんだ」と、一方の選手に全てを押し付けてしまったように思います。
運営的にはそれが楽だと思いますが、何十年も続いて行く間には、再発か似たような不合理が起こるでしょう。そのときになって「あのときルールを改善しておけば良かった」と言っても遅いのです。